Дивизион 1
1. Московская железная дорога
2. Департамент экономики
3. Департамент технической политики
4. Административно-организационный аппарат
5. Департамент по взаимодействию с федеральными и региональными органами власти
6. Департамент социального развития
7. Департамент корпоративных финансов
8. Департамент пассажирских перевозок
9. Департамент корпоративных коммуникаций
10. Дирекция тяги
Дивизион 2
1. Дирекция железнодорожных вокзалов
2. Департамент корпоративного имущества
3. Дирекция по ремонту тягового подвижного состава
4. Северо-Западная дирекция скоростного сообщения Дирекции скоростного сообщения
5. Центральная дирекция инфраструктуры
6. ФГБОУ ВО Петербургский университет путей сообщения Императора Александра I
7. Центральная дирекция управления движением
8. Управление учета операций по банковским счетам и расчетных операций аппарата управления ОАО «РЖД» Департамента бухгалтерского учета Бухгалтерской службы ОАО «РЖД»
9. Центральная дирекция здравоохранения
10. Центральная дирекция пассажирских обустройств
Дивизион 3
1. Департамент управления персоналом
2. Центральная дирекция моторвагонного подвижного состава
3. Департамент корпоративного управления
4. Центр фирменного транспортного обслуживания
5. Трансэнерго
6. Правовой департамент
7. Департамент капитального строительства
8. Центр внутреннего контроля «Желдорконтроль»
9. Департамент зарубежных проектов и международного сотрудничества
10. Центральная дирекция закупок и снабжения